胃镜的检查与治疗时间长短因人而异，要根据病变的特点，普通的胃镜检查，大概10分钟左右的时间即可完成。但若在胃镜下发现问题、发现病变，需要进一步进行放大内镜的精查，此时要看观察时间，为了细致的观察内镜，可能整个检查胃镜的时间大概需要30分钟甚至更长。
除胃镜检查之外，胃镜还可以进行治疗，如内镜下的息肉切除，对于消化道、食管、胃的早期癌症，可以在胃镜下进行黏膜剥离，根治胃癌，手术操作相对而言时间会更长。依据病变部位特点、大小、手术者的熟练程度，时间会因人而异，有时可能需要4-5个小时甚至更长的时间。对于黏膜下的肿瘤，如间质瘤，也可以在内镜下进行肿瘤的挖除，所需时间与病变特点和操作者熟练程度密切相关。